Hej tamo! Kao pružatelj usluga mikrobnih podataka o analizi podataka, bio sam u gužvi kada je u pitanju odabir prave platforme za sekvenciranje za mikrobne podatke. To je ključna odluka koja može donijeti ili razbiti projekte istraživanja ili analize. Dakle, zaronimo u čimbenike koje biste trebali razmotriti prilikom donošenja ovog izbora.
Koštati
Započnimo s očiglednim: Trošak. Sekvenciranje može biti skupo, a cijena može se uvelike razlikovati ovisno o platformi. Morate razmišljati o prethodnim troškovima, poput cijene samog stroja za sekvenciranje. Neke su platforme prilično proračunski - prijateljski, dok su druge visoke - kraj i dolaze s ogromnom cijenom.
Tada su tu tekući troškovi. To uključuje stvari poput reagensa, koje se koriste u procesu sekvenciranja. Neke platforme koriste skuplje reagense, što se s vremenom zaista može zbrojiti. Također morate uzeti u obzir troškove pohrane i analize podataka. Sekvenciranje visokog propusnosti generira tonu podataka, a pohranjivanje i analiza može biti skupo.
Za manje laboratorije ili projekte s uskim proračunima troškovi su često odlučujući faktor. Ali zapamtite, ponekad plaćanje malo više unaprijed može vam uštedjeti novac ako platforma bude učinkovitija i zahtijeva manje skupe reagense.
Protok
Propusnost se odnosi na količinu podataka koju platforma za sekvenciranje može generirati u određenom roku. Ako radite na velikom projektu skale, poput sekvenciranja genoma stotina ili tisuća mikrobnih uzoraka, trebat će vam platforma s visokom propusnošću.
Visoke propusne platforme mogu istovremeno obraditi više uzoraka, što štedi vrijeme i novac. S druge strane, ako radite samo na nekoliko uzoraka odjednom, niža propusna platforma može biti dovoljna. Bit će jeftinije i možda će biti lakše upravljati.
Na primjer, ako koristite aAnalizator krivulje rasta mikrobaDa biste proučavali rast malog broja mikrobnih sojeva, možda vam neće trebati super visoka platforma za sekvenciranje propusnosti.
Dužina čitanja
Dužina čitanja je još jedan važan faktor. Duljina fragmenata DNK ili RNA koju platforma za sekvenciranje može čitati odjednom. Dulje duljine čitanja mogu biti zaista korisne za određene vrste analize.
Na primjer, ako pokušavate sastaviti kompletan mikrobni genom, duže duljine čitanja mogu vam pomoći da popunite praznine i dobijete precizniju sliku. Oni također mogu biti bolji za otkrivanje strukturnih varijacija u genomu.
Međutim, platforme s duljim duljinama čitanja često imaju nižu propusnost i mogu biti skuplje. Dakle, morate uravnotežiti svoje potrebe za dugim čitanjima s drugim zahtjevima, poput troškova i propusnosti.
Točnost
Točnost je ključna kada je u pitanju analiza mikroba podataka. Želite biti sigurni da platforma za sekvenciranje koju odaberete može pružiti pouzdane i točne rezultate.
Neke su platforme poznate po visokoj točnosti, dok druge mogu imati veću stopu pogreške. Platforme visoke točnosti posebno su važne ako radite istraživanje koje zahtijevaju precizne genetske informacije, poput proučavanja evolucije mikrobnih populacija ili identificiranja određenih gena.
Imajte na umu da na točnost mogu utjecati i drugi čimbenici, poput kvalitete uzorka i korištenih metoda analize podataka. Ali dobra platforma za sekvenciranje solidna je temelj za točne rezultate.
Jednostavnost upotrebe
Priznajmo, nisu svi stručnjak za sekvenciranje. Dakle, jednostavnost upotrebe platforme za sekvenciranje je velika stvar. Platforma kojom je lako upravljati i održavati može vam uštedjeti puno glavobolje.
Potražite platforme koje dolaze s korisničkim softverom i jasnim uputama. Neke platforme čak nude obuku i podršku, što može biti zaista korisno ako ste novi u sekvenciranju.
Ako vaš laboratorij ima kombinaciju iskusnih i početničkih korisnika, jednostavna - za upotrebu platforme može osigurati da svi mogu pridonijeti procesu sekvenciranja.
Kompatibilnost s postojećom opremom
Ako vaš laboratorij već ima neku opremu za mikrobnu analizu, morat ćete odabrati platformu za sekvenciranje koja je kompatibilna s njom. To vam može uštedjeti novac za kupnju nove opreme i olakšati integriranje sekvenciranja u vaš postojeći tijek rada.
Na primjer, ako koristiteAutomatski analizator krivulje rasta mikroba, možda biste željeli platformu za sekvenciranje koja može neprimjetno raditi s podacima koje generira analizator.
Mogućnosti analize podataka
Nakon što dobijete podatke o sekvenciranju, morate ih biti u mogućnosti analizirati. Različite platforme za sekvenciranje dolaze s različitim alatima za analizu podataka.
Neke platforme nude ugrađene - u softveru koji može izvesti osnovnu analizu, poput usklađivanja čitanja i identificiranja gena. Drugi bi mogli zahtijevati da koristite treći softver za zabavu.
Razmislite o vašim potrebama analize podataka. Ako u vašem laboratoriju imate tim za bioinformatiku, oni bi mogli podnijeti složenu analizu s alatima za treće zabave. Ali ako ste mali laboratorij bez puno podrške za bioinformatiku, platforma s jednostavnim - za upotrebu ugrađene - u alatima za analizu mogla bi biti bolji izbor.
Podrška zajednici
Zajednica za sekvenciranje može biti sjajan resurs. Potražite platforme koje imaju veliku i aktivnu zajednicu korisnika. To znači da vani ima više ljudi koji mogu podijeliti svoja iskustva, riješiti probleme i ponuditi savjete.
Možete pronaći internetske forume, konferencije i radionice na kojima se možete povezati s drugim korisnicima iste platforme. To može biti zaista korisno, pogotovo ako naiđete na probleme tijekom postupka sekvenciranja.
Reputacija dobavljača
Ugled dobavljača je također važan. Želite raditi s tvrtkom koja ima dobre rezultate pružanja proizvoda i usluga visoke kvalitete.
Potražite recenzije i svjedočenja drugih korisnika. Provjerite nudi li dobavljač dobru korisničku podršku, uključujući tehničku podršku i usluge održavanja. Pouzdani dobavljač može donijeti veliku razliku u dugoročnom uspjehu vaših projekata za sekvenciranje.
Budućnost - dokazivanje
Napokon, želite razmišljati o budućnosti. Tehnologija se neprestano razvija i ne želite ulagati u platformu za sekvenciranje koja će zastarjeti za nekoliko godina.
Potražite platforme koje se aktivno razvijaju i ažuriraju. Prodavači koji su posvećeni istraživanju i razvoju vjerojatnije su ponuditi nove značajke i poboljšanja s vremenom. To može osigurati da vaša platforma za sekvenciranje ostaje relevantna i korisna godinama koje dolaze.
Zaključno, odabir prave platforme za sekvenciranje za analizu podataka mikroba složena je odluka koja zahtijeva pažljivo razmatranje više čimbenika. Uzimajući vrijeme za procjenu ovih čimbenika, možete napraviti informirani izbor koji zadovoljava potrebe vaših istraživačkih ili analijskih projekata.
Ako ste zainteresirani za saznati više o našim uslugama analize mikrobnih podataka ili vam je potrebna pomoć u odabiru prave platforme za sekvenciranje, ne ustručavajte se pružiti ruku. Tu smo da vam pomognemo u svakom koraku i pomognemo vam da izvučete maksimum iz vaših podataka mikroba.
Reference
- Metzker, ML (2010). Tehnologije sekvenciranja - sljedeća generacija. Priroda pregleda genetika, 11 (1), 31 - 46.
- Goodwin, S., McPherson, JD, & McCombie, WR (2016). Dolazeći od dobi: deset godina tehnologija sekvenciranja sljedeće generacije. Priroda pregleda genetika, 17 (6), 333 - 351.
