Od svog uvođenja 1970-ih godina, mikrobna analiza prolazi kroz kontinuirani razvoj i poboljšanje. U početku se uglavnom koristio za detekciju uzoraka iz okoliša, a kasnije se postupno proširio na područja medicine, poljoprivrede, bioinženjeringa, itd. Sa stalnim napretkom biotehnologije, mikrobna analiza je kontinuirano inovirana i poboljšana, postavši važna analitička metoda .
